O mundo, de repente, foi categorizado por duas espécies de humanos: os "normais" e os mutantes. Esses mutantes, chamados de Diclonius, são considerados ameaças ao resto do mundo, principalmente por seus grandes poderes e habilidades. Um dos diclonius, Lucy, conseguiu escapar de uma das instalações em que eles ficavam presos e acabou entrando em uma grande aventura ao lado de dois humanos que não faziam ideia do que estavam se metendo, já que, ao olhar deles, ela aparentava ser uma menina jovem e inocente.